然而，新總統(tǒng)穆爾西上臺后，開始挑戰(zhàn)軍方和司法系統(tǒng)。穆爾西于7月8日簽署共和國令，推翻了最高憲法法院的裁定以及軍方規(guī)定，要求被解散的議會恢復立法工作，直到選出新的議會。埃及最高憲法法院則針鋒相對地于3天后裁定，穆爾西的共和國令無效，中止執(zhí)行，并重申執(zhí)行此前解散議會的裁決。穆爾西也不甘示弱，于8月12日解除武裝部隊最高委員會主席、總參謀長以及埃及海、防、空三軍司令等人職務(wù)，并宣布軍方此前頒布的《憲法補充聲明》無效。

埃及“阿拉姆在線”網(wǎng)23日分析稱，解散議會是過去幾個月來埃及最重大的爭議問題。議會席位最多的穆斯林兄弟會聯(lián)合其他伊斯蘭黨派強烈反對最高法院判決。穆爾西上臺后下令恢復議會，但此舉在法律上存在缺陷，議會沒有恢復職能。

中東媒體普遍認為，埃及最高行政法院現(xiàn)在裁決議會失去法律效力，明顯是向穆爾西叫板，這意味著埃及政治權(quán)力之爭再度白熱化。有分析認為，在埃及，軍方、總統(tǒng)和司法系統(tǒng)分別占據(jù)政治博弈的獨立一極，如果說以坦塔維等人為代表的軍方是穆巴拉克殘余勢力象征，那么司法系統(tǒng)則相對保持著獨立和公正的色彩，許多官員都是前朝老臣及資深法官和律師，盡管埃及聲勢浩大的“革命”推翻了穆巴拉克，粉碎其執(zhí)政班底，但并沒有撼動和破壞埃及相對獨立和廉潔的司法體系。

穆斯林兄弟會的“自由和正義黨”法律委員會23日發(fā)表聲明，稱對最高行政法院的做法感到驚訝和意外，同時表示強烈反對這一裁決，“將采取一切法律手段進行斗爭”。