1985年5月頒布的《中共中央關(guān)于教育體制改革的決定》?！稕Q定》規(guī)定：“學(xué)校逐步實(shí)行校長負(fù)責(zé)制……學(xué)校中的黨組織要從過去那種包攬一切的狀態(tài)中解脫出來，把自己的精力集中到加強(qiáng)黨的建設(shè)和加強(qiáng)思想政治工作上來。”《決定》頒布后，在部分高校開始進(jìn)行校長負(fù)責(zé)制的試點(diǎn)。到1989年，全國共有130多所高等學(xué)校內(nèi)部實(shí)行校長負(fù)責(zé)制的領(lǐng)導(dǎo)體制。隨著1989年的政治風(fēng)波，東歐劇變、蘇聯(lián)解體等重大事件的發(fā)生，加強(qiáng)黨的領(lǐng)導(dǎo)又被提到重要位置。
3.黨委領(lǐng)導(dǎo)下校長負(fù)責(zé)制的初步建立和形成（1990年—1999年）1990年4月召開了改革開放以來的第一次全國高等學(xué)校黨建設(shè)工作會議。會議指出：“堅(jiān)持黨的領(lǐng)導(dǎo)，加強(qiáng)高校黨的建設(shè)，是辦好中國特色的社會主義大學(xué)的根本保證”，“總結(jié)改革開放七年以來的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)，我們的一個(gè)基本認(rèn)識是，辦好社會主義大學(xué)，黨在高等學(xué)校的領(lǐng)導(dǎo)地位只能加強(qiáng)、改善，不能動搖、削弱”。 會議指出：“高等學(xué)校實(shí)行黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制，這是符合我國實(shí)際情況的。今后，高等學(xué)校原則上實(shí)行黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制?！边@是在黨的會議上第一次提出了“黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制”的命題。
1990年7月在《中共中央關(guān)于加強(qiáng)高等學(xué)校黨的建設(shè)的通知》中，第一次以中央文件的形式規(guī)定“高等學(xué)校實(shí)行黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制”。 1991年5月，中共中央組織部、國家教委黨組配合中央的通知下發(fā)《關(guān)于進(jìn)一步加強(qiáng)高等學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)班子建設(shè)的通知》。至此，黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制，在理論和制度以及實(shí)踐層面上已初步形成，高校黨的建設(shè)進(jìn)入了健康發(fā)展的新的歷史時(shí)期。黨的十四屆四中全會后，根據(jù)《中共中央關(guān)于加強(qiáng)黨的建設(shè)幾個(gè)重大問題的決定》精神，1995年11月中組部、中宣部和國家教委黨組下發(fā)了《關(guān)于加強(qiáng)高等學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)班子建設(shè)工作的若干意見》。1996年3月，中共中央下發(fā)了《中國共產(chǎn)黨普通高等學(xué)校基層組織工作條例》。這是我黨歷史上第一個(gè)高校黨的建設(shè)的法規(guī)性文件?！稐l例》明確規(guī)定：“高等學(xué)校實(shí)行黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制”。
1999年1月開始實(shí)行的《中華人民共和國高等教育法》，將黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制以國家法律的形式確定下來。這標(biāo)志著經(jīng)過十年的努力實(shí)踐，黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制已基本形成。
4.黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制的發(fā)展和完善（2000年至今）
在黨的十六屆四中全會，胡錦濤同志指出：“黨的執(zhí)政能力強(qiáng)不強(qiáng)，關(guān)鍵在各級領(lǐng)導(dǎo)班子?！痹陔S后召開的全國第十三次全國高校黨建工作會上，專題研究了高校領(lǐng)導(dǎo)班子思想政治建設(shè)。
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