但直至二次政黨輪替，陳水扁當(dāng)局都沒有實現(xiàn)對AIT“全面開放”的諾言，美牛議題一直延燒到馬當(dāng)局執(zhí)政后，2009年10月臺美簽訂美牛輸臺議定書，引起民眾反彈，并一度造成馬當(dāng)局執(zhí)政危機。

AIT電文顯示，2010年1月21日，國民黨秘書長金溥聰與AIT臺北辦事處長司徒文會面時坦承，當(dāng)局對美牛問題“做了不好的政治判斷”；金溥聰承諾，會協(xié)調(diào)解決臺北市的反美牛運動，也推薦美方采納公關(guān)專家范可欽的計劃，以爭取基層支持帶骨美牛進口。

臺灣加油贊發(fā)言人殷瑋轉(zhuǎn)述金溥聰意見表示，他所指的“做了不好的政治判斷”，是指當(dāng)局低估了人民對美牛的反應(yīng)。至于所謂協(xié)調(diào)解決臺北市的反美牛運動，金是答應(yīng)轉(zhuǎn)達郝龍斌，楊蘇棣希望美國國旗受到尊重。蔡英文在2010年2月8日與司徒文會面時說，“馬當(dāng)局對美牛問題處理失當(dāng)，是幫了民進黨”。