1982年至1990年在中國人民銀行總行綜合計劃司工作，歷任副處長、處長。

1990年至1993年歷任中國人民銀行計劃資金司副司長、司長。

1994年任中國人民銀行行長助理、1996年4月任中國人民銀行副行長。在央行工作期間，尚福林注意鉆研學習新的經(jīng)濟理論，通過進修深造，獲得了博士學位，并成為中國人民銀行貨幣政策委員會的一員。

1997年7月任中國貨幣政策委員會第一屆委員。

2000年2月任中國農(nóng)業(yè)銀行行長。

2002年12月27日，接替周小川出任證監(jiān)會主席、黨委書記。

2002年11月在中共中央第十六次全國代表大會上當選為中央候補委員。

2006年獲得CCTV中國年度經(jīng)濟人物獲得者。獲獎理由他望聞問切，對多年的制度痼疾明察秋毫。他大開大闔，開出的處方具有外科手術(shù)般的精確。股權(quán)分置改革使中國證券市場在2006年發(fā)生歷史性變革。

2007年10月21日在中共十七大上當選中央委員會委員。