奧巴馬在一份聲明中說，盡管簽署這一法案，但他對于法案中有關恐怖嫌疑人關押、審訊及起訴等內容仍“持嚴重保留意見”。

該法案規(guī)定，凡被認為是“基地”組織及其分支成員、參與策劃或實施對美國襲擊的嫌疑人都必須由軍方關押，但這一規(guī)定不適用于美國公民。白宮對此提出異議，稱這一規(guī)定將制約總統(tǒng)權力，并一度威脅否決該法案。迫于白宮壓力，國會對法案進行了修正，增加了一項內容，明確表示新規(guī)定不會影響聯(lián)邦調查局等執(zhí)法機構處理他們抓獲的嫌疑人。同時總統(tǒng)也可因國家安全需要，放棄將恐怖嫌疑人交由軍方處理，而由刑事法庭審判。