淞滬戰(zhàn)爭持續(xù)三月，中國佛教會災區(qū)救護團京滬隊第一分隊活躍在東戰(zhàn)場上，出動工作達百余次，來回于瀏行、大場、昆山之間，在槍林彈雨中實施救濟眾生法事，造成驚人成績，根據(jù)慈聯(lián)會民國二十七年報告書，我們這個“僧侶救護隊”所救護的負傷員兵及租界難民總共有八千二百七十三人，被上海報紙譽為“英勇僧侶”，外國報紙稱他們?yōu)椤皯?zhàn)神之敵”。

1937年冬，上海淪陷，經(jīng)過激戰(zhàn)后的上海已是廢墟一片，尸橫遍野。日軍不準收埋陣亡的中國士兵和罹難難民的遺骸，中國居民又無人敢冒殺頭之險過問?？粗l(wèi)國抗敵的戰(zhàn)士曝尸郊野，罹禍難民的尸骸遺拋溝壑，圓瑛大師挺身而出，以大無畏的精神發(fā)起組織掩埋隊，圓瑛法師親任總隊長，隊員由上海玉佛寺、法藏寺、清涼寺、國恩寺、關(guān)帝廟、報本堂等寺廟的僧眾和香工組成。他們每天用四輛汽車，將國人的尸體一具一具地抬上車，送到郊外掩埋。晝夜不停，花了三個多月時間，總計掩埋尸體一萬多具。

圓瑛大師率領中國佛教界在抗敵救災方面的一系列義舉，獲得了國內(nèi)外的高度贊揚，當時國民黨軍將領陳誠也不得不承認：“真正到前線上去救護的只有他們?！?/p>

在完成一系列愛國義舉后，圓瑛大師又出國募捐抗日資金，號召華僑進行“一元錢救國運動”。1939年10月，圓瑛大師和徒弟籌集了大量資金，從南洋返回上海。圓瑛大師回國后，日本人勸他出任所謂的中日佛教會會長，圓瑛大師嚴詞拒絕。日本人惱羞成怒，1939年農(nóng)歷九月初一，大批憲兵包圍了圓瑛大師所在的寺院，以抗日的“罪名”將圓瑛大師和弟子明旸法師逮捕。

圓瑛大師師徒二人被押到位于上海北四川路的日本憲兵隊司令部，馬上遭到嚴刑拷問。明旸法師回憶道：“憲兵們面目猙獰，虎視眈眈……夜闌人靜，萬籟俱寂時刻，日本憲兵就對先師進行嚴刑審訊，態(tài)度野蠻，幾瀕于危。師以從容陳辯，理直氣壯，義正詞嚴，堅持了中國人民大無畏的民族氣節(jié)?！?/p>

隨后，圓瑛大師二人又被押解往南京的日本憲兵總司令部，追查二人在南洋募集抗日捐款的事情。圓瑛大師威武不屈，在嚴刑審訊面前仍做道場，連打三個“凈七”，并以絕食與日寇作斗爭。

圓瑛大師被捕的消息引起了民眾的公憤。迫于輿論壓力，1939年11月，日寇釋放了圓瑛大師師徒二人。圓瑛大師出獄后，致函福州鼓山涌泉寺辭去方丈之職，走上了更為堅毅的抗日之路。