在長汀，廈大校址位于北山麓文廟、萬壽宮一帶，與長汀中學(xué)校舍緊密相連。當(dāng)時(shí)的條件是艱苦的，學(xué)校以長汀文廟為辦公場所，借一座破樓做女生宿舍，租長汀飯店給教授安身?xiàng)ⅰＫ_本棟一家住在倉頡廟，僅臥室和飯廳兩間。

為了解決同學(xué)們的肚子問題，薩本棟跑政府、求富戶，派人到產(chǎn)糧區(qū)采購糙米，總算讓同學(xué)們吃上糙米飯，給學(xué)生提供早餐配黃豆、中餐配青菜的食譜。長汀沒有電，薩校長將政府配給自己的小汽車上的發(fā)動(dòng)機(jī)卸下來發(fā)電，向教室和閱覽室供電。教材不夠，學(xué)生輪流閱讀。中文類的教材干脆讓學(xué)生自己抄上一遍，以強(qiáng)化記憶。學(xué)生可以申請(qǐng)戰(zhàn)區(qū)學(xué)生貸金，每月8元，畢業(yè)后就業(yè)時(shí)清還。薩本棟把學(xué)生介紹到校外兼職工作，解決他們的燃眉之急。

政府經(jīng)常不能及時(shí)撥下經(jīng)費(fèi)，薩本棟率先執(zhí)行減薪，按三至五成支領(lǐng)校長薪俸。為節(jié)省經(jīng)費(fèi)，規(guī)定領(lǐng)導(dǎo)和教授不得安插自己的親屬在學(xué)校工作。薩本棟帶頭遵守規(guī)定，讓太太擔(dān)任完全義務(wù)性質(zhì)的女生指導(dǎo)員，不領(lǐng)一分薪酬。

1938年5月10日凌晨，日軍大舉進(jìn)攻廈門，從五通浦口登陸。此后，日軍飛機(jī)三天兩頭飛到長汀轟炸騷擾。為了使損失降到最低，當(dāng)局在北山設(shè)警報(bào)臺(tái)，掛一個(gè)紅球預(yù)報(bào)遠(yuǎn)處有敵機(jī)，掛兩個(gè)紅球表示敵機(jī)臨近。

當(dāng)時(shí)廈大的防空洞就開鑿在校園的后山，青年校長薩本棟總是站在洞口指揮師生，自己最后一個(gè)進(jìn)洞。洞小人多，又沒有通風(fēng)設(shè)備，薩本棟指揮洞口和洞內(nèi)深處的師生不斷地?fù)Q位，以分享洞口的新鮮空氣，防止有人昏倒。

當(dāng)時(shí)政府高呼“十萬青年十萬軍”，號(hào)召青年從軍，廈門大學(xué)百名學(xué)生報(bào)名從軍，并迅速組織成立“國立廈門大學(xué)學(xué)生救國服務(wù)團(tuán)”等各種文化社會(huì)團(tuán)體，各種定期不定期的報(bào)紙、刊物圍繞“抗日救國”的主題競相出版，使得長汀的文化活動(dòng)異?；钴S。民間抗戰(zhàn)團(tuán)體“長汀縣抗日后援會(huì)”公舉薩本棟為名譽(yù)會(huì)長，吸收大量廈大學(xué)生入會(huì)。

廈大中文學(xué)會(huì)主編《巨圖》、廈大戰(zhàn)時(shí)后方服務(wù)團(tuán)出版《唯力》、廈大校友總會(huì)出版《廈大通訊》、抗日后援會(huì)出版《戰(zhàn)聲》，師生們?cè)谶@些期刊發(fā)表慷慨激昂的作品，大聲疾呼全民抗戰(zhàn)。

抵達(dá)長汀兩年后，廈門大學(xué)添建了同安堂和嘉庚堂兩座教室，有了山麓中的萬壽宮做圖書館，修了一座民房為四年級(jí)的男生宿舍……廈大校區(qū)逐漸連片，占地60畝，看上去有半個(gè)長汀城。