1943年底省委機關(guān)遷到閩中，就近指導(dǎo)沿海抗日，同時打通了與各地區(qū)聯(lián)系的路線，開創(chuàng)出新的抗日局面。

在日軍第二次侵犯福建前，省委根據(jù)當時急速發(fā)展的形勢，預(yù)計到日軍“也有侵占福建的可能”（《中共福建省委關(guān)于準備抗日游擊戰(zhàn)爭政策指示》1944年9月20日）。1944年9月，省委發(fā)出了《關(guān)于準備抗日游擊戰(zhàn)爭政策指示》，強調(diào)必須首先著重于籌集經(jīng)費和武器，組織抗日游擊隊。10月福州第二次淪陷之后，省委發(fā)出《關(guān)于抗日游擊戰(zhàn)爭第二次指示》，要求各級黨組織抓住時機，積極開展抗日游擊戰(zhàn)爭，放手發(fā)展人民抗日力量，堅決打擊漢奸。省委還對如何開展抗日游擊戰(zhàn)爭問題進行了具體部署，決定以省委自衛(wèi)武裝主力部隊到閩侯南嶼進行“閃電式”公開抗日，擴大共產(chǎn)黨在抗日戰(zhàn)爭中的影響，并打出“福建人民抗日游擊隊閩中司令部”的旗號，司令員兼政委黃國璋，副司令員陳亨源，參謀長劉潤世，政治部主任林汝楠。在省委的領(lǐng)導(dǎo)下，沿海淪陷區(qū)的抗日游擊戰(zhàn)爭再掀高潮。黨領(lǐng)導(dǎo)的沿?？谷沼螕魬?zhàn)爭的蓬勃發(fā)展，不但振奮了全省人民的抗日斗志，同時也激勵了國民黨官兵的愛國熱情，推動了國民黨反對日本侵略者的斗爭。1945年5月，日軍在福建沿海軍民的不斷打擊下，開始由福建向浙江沿海撤退。共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)下的抗日武裝配合當?shù)伛v軍全面出擊，收復(fù)失地，驅(qū)敵下海，懲治漢奸。5月18日，日軍撤出閩中閩東沿海各縣。