之前朱清時曾經(jīng)坦率地說過，任何重要的改革都是越過法規(guī)的，如果強調(diào)不能越過，那就不能進行改革。如果教改不能進行，那他擔任南科大校長也就失去了意義。這番話曾讓人猜測，朱清時校長是不是做好了要知難而退的準備？面對這樣的疑問，朱清時說，他還沒有時間為自己想退路，盡管困難重重，但他仍然沒有絕望。

朱清時：我其實以前就估計到這個難度會很大，但是沒有想到會這么大，會來得這么快。我至今仍然抱著希望能夠化解這些，南科大仍然保持最初做中國教改試驗田的這種目標前進，所以我還沒有絕望，還希望能夠繼續(xù)做下去。

學生們在公開信中寫下這樣一段話：“我們對自己的選擇堅定不移，對南科大的未來充滿希望。但是我們同時也是無助的，我們僅僅是學生，我們需要大家對我們學校有一個既不過度悲觀也不過度樂觀的看法?！敝烨鍟r說，今天的南科大沒有失敗。他也堅信，總有一天，南科大會成功。

朱清時：不管我們是否能把南科大建成原來預訂的那個目標——一流研究型大學，我們付出的勞動，我們的努力，我們辛苦包括這些孩子們的參與，都非常有價值，就是通過實驗來回答了錢學森的問題：為什么我們國家沒有一流大學？這樣講，沒有失敗者，南科大這個理念是成功的。不管我們把南科大建成了一流大學還是沒有在我們手上建成，我相信將來有人一定會把它建成。(馮會玲)