根據(jù)協(xié)議，教育部將圍繞福州大學改革、發(fā)展、建設等方面給予以下扶持：

1.指導和幫助福州大學制定戰(zhàn)略規(guī)劃和學科建設規(guī)劃。

2.加強對福州大學在教學、科研、學科建設、師資隊伍建設等方面的指導和支持，推動福州大學在體制機制方面進行改革創(chuàng)新。

3.教育部將在相應的重點學科、重點實驗室、工程中心、博士點、人才培養(yǎng)基地等有關布點和建設中將福州大學納入整體規(guī)劃統(tǒng)籌考慮。

4.支持福州大學積極開展協(xié)同創(chuàng)新，設立校級計劃，加強前期培育。

5.在教育部“ 長江學者獎勵計劃”、“創(chuàng)新團隊發(fā)展計劃”、“新世紀優(yōu)秀人才支持計劃”、國家“本科教學工程”立項建設、增加博士生招生指標等方面給予優(yōu)惠政策和扶持。

6.支持福州大學與清華大學建立全面合作長效機制，推進清華大學在干部交流、師資培訓、學科建設等方面對福州大學的對口支持與合作。

7.推動福州大學與教育部直屬高校的相互學習和信息交流。支持和指導福州大學推進國際和閩臺教育交流與合作。